«جناب حجت الاسلام آقای حاج شيخ صادق خلخالی دامت افاضاته به جناب عالی ماموريت داده می شود تا در دادگاهی که برای محاکمه متهمين و زندانيان تشکيل می شود، حضور به هم رسانده و پس از تماميت مقدمات محاکمه با موازين شرعيه حکم صادر کنيد-روح الله الموسوی الخميني»

«اينجانب، پس از دريافت حکم، به محاکمه محکومين درجه يک افتادم، اولين کسانی که در دادگاه محاکمه وبه جزای عمل خود رسيدند، عبارت بودند از: نعمت الله نصيری، رئيس سازمان ساواک و خسروداد، فرمانده هوانيروز و ناجی،فرماندار نظامی اصفهان[...]در آن شب من تعداد ۲۴نفر رامحکوم کرده بودم که به علت دخالت ها، فقط دستور اعدام چهار نفر ياد شده را صادر کردم. آنها در پشت بام مدرسه رفاه اعدام و اين اولين اعدام ما بود. البته من با خون دل خوردن،سرانجام توانستم در جا همان ۲۴نفر را به تدريج اعدام کنم...»
«من عقيده داشتم و حالا هم معتقدم که تمام وکلای مجلسين شورا و سنا و همه استانداران و روسای ساواک و شهربانی که از سال ۴۲ به بعد و پس از تحريم امام بر سر کار بودند، محکوم به اعدام می باشند، در حالی که عده انگشت شماری از آنها اعدام شدند...»

" تازه بود که حاکم شرع شده بودم و بنا داشتم تا با منافقين قاطعانه برخورد کنم. براي خيلي از همکارانم سوال بود که چگونه مي شود اين ها را سر جايشان نشاند. عصر از پيش امام بازگشته بودم و با همراهان و همکاران و محافظانم قرار بود شام را در منزلم بخوريم. داشتيم مي آمديم داخل کوچه منزل که از شيشه ماشين ديدم دوتا بچه پانزده ، شانزده ساله گويا مخفيانه چيزي با هم رد و بدل کردند. دستور دادم بگيرند و بگردندشان ببينم ماجرا چيه. خودم از کيف پسره اين روزنامه مجاهدين را در آوردم. يادم هست فاميلش شريعتي بود از خانواده هاي اسمي قم. همانجا پسره را با گلوله زدم و به همراهانم گفتم اينجوري بايد با اين جانوران برخورد کرد! " خلخالي درست مي گفت . امين شريعتي پانزده ساله به دست او اعدام انقلابي شد و در حالي که به خانواده اش گفته بودند فلان روز از زندان آزاد مي شود ، جنازه نوجوان تحويل خانواده اش شد. به سالي نرسيد که مادرش دق کرد و مرد و پدرش راهي دارالمجانين شد. آيت الله گويي با لحظاتي چنين زندگي مي کرد.

اين ها ميخواستند شهردار تهران را از زندان قصر فراري دهند. به او گفته بودند اگه نشد، جلوي خلخالي اگر جانماز آب بكشي شايد تو را آزاد كند. ايشان در بند يك زندان قصر دنبال من ميدويد و ميگفت: آقاي خلخالي ! مهرنداري من نماز بخوانم!. او فاقد همه صلاحيتها بود. ولي فكر ميكرد زنده ميماند، و حال اينكه تا ديدم مرتبا جلوي من جانماز آب ميكشد، سریع دستور اعدامش را صادر كردم. حركت انقلابي اين نبود كه بخواهيم بشماريم چند تا قدم برداشتهايم. بايد ميدويديم. همين دويدن ها بود كه ابديت اين انقلاب را تضمين كرد.خون هایی که دادیم و خون هایی که ریختیم همه برای حقیقت انقلابی بود که امام برپا کرد...
تاریخ باید نماد دلاوری های انقلابیون باشد ، حالا خطاهایشان را که نباید بزرگ کرد. مثلا اینکه پاسداران یک برادر دوقلو را به جای دیگری آورده اند و من اعدامش کرده ام ، اینکه نکته مهمی نیست یا مثلا یک گروه بودند که آخر سال 59 فکر می کنم دستگیر کردند که اساسا اسلامی بودند ، اما خب به ما گفتند که اینها مارکسیست هستند و من بدون فوت وقت از دم تیغ گذراندمشان. بعد هم اعلام کردیم اینان در صف شهدای انقلاب هستند و حقیقتا هم دروغ نگفتیم...

شما روزی بنا داشتید بیست نفر را با هم محاکمه کنید. جلوی صف آنها رفتید و گفتید یکی درمیان از سمت راست ، اولی اعدام شود و دومی حبس ابد برود. نفر آخر که حبس ابد گرفته بود ، به امید اینکه شاید روزی آزاد شود ، گویا خنده ای بر لبانش نقش بست و شما تا خنده او را دیدید گفتید حال که اینطور شد از آخز صف ، یکی در میان ، اولی اعدام شود و بعدی به حبس ابد رود...
صادق خلخالی : آن خنده شیطانی بود. دقیقا آن صحنه را به یاد دارم....